Я фрилансер и буду говорить против своих интересов, так принято на этом форуме.
Разница складывается из трех вещей. Во-первых, в агентстве мою работу делают три человека: дизайнер, разработчик, менеджер проекта. Я делаю всё сам, но не так хорошо, как узкие специалисты в агентстве.
Во-вторых, если агентству станет плохо, работа не встанет, а если заболею я — встанет. Часть переплаты считайте страховкой.
В-третьих, у агентства есть офис, бухгалтерия, отдел продаж. Всё это включено в ваш счет.
Честный ответ для вашего случая: система записи и простой сайт — задача, с которой легко справится один человек. Фриланс логичен. Но спросите: «Что будет, если через год я не смогу с тобой связаться?» Если ответа нет, не смотрите на цену.