Soy freelance y voy a hablar en contra de mis propios intereses, es la norma en este foro.
La diferencia viene de tres sitios. Primero, en una agencia mi trabajo lo hacen tres personas: diseñador, desarrollador, gestor de proyecto. Yo hago las tres cosas, pero en ninguna soy tan bueno como el especialista de la agencia.
Segundo, si la agencia se pone enferma el trabajo no para, si yo me pongo enfermo sí para. Pensad en parte de la diferencia que pagáis como una prima de seguro.
Tercero, la agencia tiene oficina, contabilidad, comerciales. Todo eso está en vuestra factura.
Respuesta honesta para vuestro caso: un sistema de citas y una web sencilla es un trabajo que una sola persona puede hacer sin problemas. El freelance tiene sentido. Pero preguntad esto: "¿qué pasa si dentro de un año no puedo contactarte?" Si no hay respuesta, no miréis el precio.